Alcune muffe producono anche micotossine che possono comportare gravi rischi per la salute di esseri umani e animali. Alcuni studi affermano che l'esposizione a livelli elevati di micotossine può portare a problemi neurologici e, in alcuni casi, alla morte. L'esposizione prolungata, ad esempio l'esposizione domiciliare giornaliera, può essere particolarmente dannosa. La ricerca sugli impatti sulla salute della muffa non è stata conclusiva. Il termine "muffa tossica" si riferisce alle muffe che producono micotossine, come lo Stachybotrys chartarum, e non a tutti gli stampi in generale.
La muffa in casa può essere normalmente trovata in aree umide, buie o al vapore, ad es. Bagno o cucina, aree di stoccaggio ingombranti, aree recentemente allagate, aree seminterrate, spazi idraulici, aree con scarsa ventilazione e all'aperto in ambienti umidi. I sintomi causati da allergia alla muffa sono: lacrimazione, prurito agli occhi; una tosse cronica; mal di testa o emicranie; respirazione difficoltosa; eruzioni cutanee; stanchezza; problemi di sinusite; blocco nasale e starnuti frequenti.
Le muffe possono anche rappresentare un pericolo per la salute umana e animale quando vengono consumate in seguito alla crescita di alcune specie di muffe negli alimenti conservati. Alcune specie producono metaboliti secondari tossici, chiamati globalmente micotossine tra cui aflatossine, ocratossine, fumonisine, tricoteceni, citrinina e patulina. Queste proprietà tossiche possono essere utilizzate a beneficio degli esseri umani quando la tossicità è diretta contro altri organismi; ad esempio, la penicillina influisce negativamente sulla crescita dei batteri Gram-positivi (ad es. specie Clostridium), su certe spirochete e su certi funghi