Fleming ha continuato a indagare sulla penicillina, dimostrando che potrebbe inibire vari tipi di batteri trovati in infezioni e altri disturbi, ma non è stato in grado di produrre il composto in quantità sufficienti per la produzione di un medicinale. Il suo lavoro è stato ampliato da un team di Oxford Università; Clutterbuck, Lovell e Raistrick, che hanno iniziato a lavorare sul problema nel 1931. Questo team non è stato in grado di produrre il composto puro in nessuna grande quantità e ha scoperto che il processo di purificazione diminuiva la sua efficacia e negava le proprietà antibatteriche che aveva .
Howard Florey, Ernst Chain, Norman Heatley, Edward Abraham, anch'essi tutti a Oxford, continuarono il lavoro. Hanno migliorato e sviluppato la tecnica di concentrazione utilizzando soluzioni organiche piuttosto che acqua, e creato la "Oxford Unit" per misurare la concentrazione di penicillina all'interno di una soluzione. Sono riusciti a purificare la soluzione, aumentando la sua concentrazione di 45-50 volte, ma hanno scoperto che era possibile una concentrazione più elevata. Gli esperimenti furono condotti e i risultati furono pubblicati nel 1941, sebbene le quantità di Penicillina prodotta non fossero sempre abbastanza elevate per i trattamenti richiesti. Mentre questo era durante la seconda guerra mondiale, Florey cercò il coinvolgimento del governo USA. Con gruppi di ricerca nel Regno Unito e alcuni negli Stati Uniti, la produzione su scala industriale di penicillina cristallizzata è stata sviluppata durante il periodo 1941-1944 dall'USDA e da Pfizer.
Diversi farmaci per abbassare il colesterolo di statine (come la lovastatina, di Aspergillus terreus) derivano da muffe. [Citazione necessaria]
La ciclosporina farmaco immunosoppressore, utilizzato per sopprimere il rigetto degli organi trapiantati, è derivata dalla muffa Tolypocladium inflatum.